Ngày 10 tháng 7 năm 2006 Basayev cùng 10 phiến quân Chechnya (trong đó có 5 chỉ huy cao cấp) bị nổ tan xác trong một chiếc xe tải hiệu Kamaz tại làng Ekazhevo ở nước Cộng hòa Ingushetia (thuộc Nga). Phiến quân Chechnya nói đó là một tai nạn. Còn chính quyền Nga thì cho là đây là kết quả thắng lợi trong một chiến dịch bí mật, đặc biệt và kỹ lưỡng của đặc nhiệm Nga.